Až do roku 1786 byla obec Francova Lhota přiškolena k triviální škole v Lidečku. Po roce 1787, kdy byla Francova Lhota vyškolena z Lidečka, probíhala výuka v některé chalupě . Výuku prováděli různí muži, tzv. nouzoví učitelé, kteří byli bez odborné učitelské kvalifikace.
V roce 1794 byla ve Francově Lhotě zbudována samostatná školní budova na úpatí kopce pod kostelem. V jedné části byla jediná učebna a na druhé straně budovy byl dvoupokojový byt učitele s větší kuchyní. O prvních učitelích se nedochovaly žádné zprávy. V roce 1799 se na francovolhotskou školu přistěhoval Josef Lukáš Kašpárek, potomek starého učitelského rodu. Zahájil tak stotřicetiletou éru učitelského působení spřízněných rodů Kašpárků a Merlíčků ve Francově Lhotě.
Poněvadž neustále přibýval počet žáků, byla v roce 1874 postavena školní budova se dvěma třídami. Nacházela se rovněž pod kostelem a říkalo se jí „dolní škola“. Časem přestala i trojtřídka vyhovovat, a tak bylo přikročeno k stavbě nové školy, která už stála na místě školy dnešní. Vyučovat se v této škole začalo ve školním roce 1896/1897. V roce 1931 bylo nutno provést rekonstrukci této školy, zároveň byly přistavěny čtyři učebny, dva kabinety a sociální zařízení. Od roku 1953 se ve škole vyučovalo již v devíti učebnách. V roce 1956 byly během prázdnin zřízeny nové dílny, kabinety, ale bylo nutné zavést střídavé vyučování, neboť v devíti učebnách se muselo prostřídat jedenáct tříd. V 70. letech proběhla generální oprava školy, ale ta přesto stále nevyhovovala současným požadavkům na vyučování.
V roce 1978 byla započata oprava a přístavba školy. Po celou dobu rekonstrukce školy a přístavby nového pavilonu se děti učily ve ztížených podmínkách a náhradních prostorách kulturního domu, nižší třídy pak ve Valašské Senici ve zdejší škole. K 1. září 1981 byly práce natolik ukončeny, že se zde mohlo začít vyučovat. Nový školní pavilon byl však dokončen až v roce 1989, kdy se zde začalo vyučovat, byla zprovozněna nová moderní školní kuchyně s prostornou jídelnou a byla sem umístěna i školní družina. V těchto dvou školních budovách se pouze s drobnými úpravami vyučuje dodnes. Na podzim roku 2005 začala rekonstrukce staré budovy výměnou střechy a oken, opravena byla i fasáda této budovy. Během letních prázdnin roku 2008 byla zrekonstruována školní kuchyně a jídelna. V květnu roku 2009 byla dokončena moderní prostorná tělocvična a od června 2010 máme k dispozici moderní venkovní sporovní areál s několika hřišti s umělým povrchem.
V roce 2012 bylo dobudováno zázemí tělocvičny – šatny a sociální zařízení.
V roce 2013 proběhla velká rekonstrukce pavilónu I. stupně. Jedná se především o výměnu oken a dveří, zateplení fasády a stropů. Podobná akce pak proběhla v roce 2015 u dalšího pavilónu, dokočeno bylo zateplení a fasáda tělocvičny a upraven byl i vchod a prostor před školou.
